重点科室：妇科、中医妇科、消化内科、眼科、高压氧科、康复科。

妇科：引进多普勒彩超系统、电子数码阴道镜、WOLF宫、腹腔镜、LEEP刀、层流净化无菌手术室等专业齐全的妇科诊疗设备，能进行内分泌激素的测定、妇科肿瘤标记物检查、子宫颈液基细胞筛查、宫颈HPV病毒检测等。

中医妇科：特邀原绍兴市妇幼保健院骆洪道主任中医师来院定期坐诊。运用中医传统理论，辨证论治，勤求古训，博采众方，致力于具有中医药治疗优势的病种诊治。

消化内科：该科在杨海生院长的领导下不断发展壮大，在消化系统的常见、多发病及疑难、危重疾病的诊治方面积累了较丰富的经验，已形成一套自已的诊疗常规，成功救治了大量消化系统患者。

眼科：主要开展眼科常见病、多发病的诊治工作。拥有超声乳化仪、手术显微镜、眼科A/B超等检查治疗设备。常规开展：白内障超声乳化术+人工晶体植入术、翳状胬肉摘除术、青光眼手术、内翻倒睫等手术。每周三、周六特邀浙江省立同德眼科楼尧勇主任来院坐诊。

我院眼科为：绍兴市红十字会白内障复明医疗救助博爱项目实施单位；绍兴市红十字会“华东医药·博爱病房”医疗救助项目实施单位；绍兴市慈善总会“城东医院·医疗救助”慈善基金实施单位。眼科通过开展防盲治盲工作，积极投身社会公益和贫困弱势群体救助工作。

高压氧科：目前是绍兴市区仅有引进单人纯氧舱的科室，拥有四台单人纯氧舱和一台婴儿纯氧舱。医护人员均具有高压氧治疗的上岗合格证，基础理论和基本技能娴熟、熟练掌握急危重症患者在高压氧舱内外抢救治疗。单人纯氧舱治疗疾病的优点是重症病人、气管切开病人、无力吸氧病人无需戴面罩吸氧，同时也适用于各种适应高压氧治疗的病人。

康复科：康复医学科设施专业齐全，人文关怀服务周到。开设有门诊、病房、康复功能评定室、物理治疗(PT)室、作业治疗(OT)室等。拥有减重步态训练器、多体位升降治疗床、颈椎牵引器、腰椎牵引器、大功率短波治疗仪、各种低中频治疗仪、高频治疗仪、超声波治疗仪及其它康复设备。

绍兴城东医院学科齐全，设有内科（消化、呼吸、心血管、内分泌、神经内科、重症监护室等）、外科(普外、血管、肿瘤、胸外、肛肠、泌尿外科等）、眼科、中医科（中医骨伤、针灸推拿、中医妇科等）、全科医疗科、妇科(计划生育专业）、中西医结合科、高压氧科、康复医学科、健康体检中心、医学检验科、医学影像科等临床和辅助科室20多个。