重点科室：神经外科、骨科、康复科、ICU、消化内科、高压氧科。

神经外科：重点科室，是急性脑血管病和颅脑损伤救治的“绿色通道”。科室拥有高素质的神经疾病医疗团队，与多个神经外科中心建立了良好的业务协作和人才培养机制。主攻脑血管疾病的诊疗，对重症颅脑外伤和中风的手术、综合、序贯治疗有丰富的临床诊治经验。科室擅长颅内动脉瘤、血管畸形、动静脉瘘的手术和血管内介入治疗；熟练掌握颅内肿瘤，脊髓肿瘤、脑血管病等的不同治疗方法适应症、禁忌症及手术技巧、应急措施，坚持微创理念大程度减少并发症和后遗症。

骨科：骨科中西并举，集骨科、中医骨伤科、康复医学科、风湿疼痛科多维一体的新型骨科医疗管理模式，颠覆传统单纯外科医生手术治疗单一模式。长期聘请多位专业中医骨伤、康复医生、骨科医生和风湿疼痛医生共同诊治，除了擅长开展常见骨科手术外，还开展如：关节置換术，腰椎间盘突出微创术、四肢矫形等大型手术。同时，采用传统中医中药治疗各种颈肩腰腿痛软组织损失、风湿痛、关节损伤后遗症等多种专科疾病。

科室配备了专业高水平的西门子螺旋CT、骨质疏松治疗仪、移动式C型臂X光影系统检测系统、ESWO体外冲击波治疗系统、智能电脑三围复位正脊系统、电脑三围牵引机、手术显微镜、数字化骨密度仪、臭氧治疗仪、熏蒸机、低温射频治疗仪等一批代表骨科专业现代化诊治水平的医疗设备。

康复科：重点科室。目前拥有医护人员数十名，病床80余张，特设门诊、病房、康复治疗室、综合训练室、理疗室、语言训练室以及齐全康复设备，专业开展运动治疗、作业治疗、语言训练、吞咽训练、（电、声、光）治疗、高压氧舱治疗等。该科室以专业的人才梯队、诊疗模式为支撑，发展成为杭州专业名气康复品牌。

ICU：拥有医护人员十几名，重症监护病床18张，配备有齐全专业的监测设备和治疗设备。病房内每张床位均配置多功能监护仪，对病人的心率、血压、呼吸、血氧饱和度等多项生命体征进行24小时持续监测。采用吊塔式供氧、供气、供电和负压吸引，保证空气循环、对流，配备中央空调，可调节适宜的温度和湿度。科室主要负责收治疑难、危重、大手术后病人的监护、抢救工作，具备对危重病人进行持续的生命体征监测。

消化内科：设有门诊、病房、内镜中心。拥有奥林巴斯电子胃镜，C14呼气试验幽门螺杆菌检测仪，胶囊内镜，电子胃肠镜诊疗系统等。诊疗范围包括各种胃肠常见病，急慢性胃炎，胃溃疡，反流性胃炎，糜烂性胃炎等消化系统疾病。

高压氧科：特色科室，拥有床位78张，氧舱是按标准（GBT12130）－2005建造管理，拥有4台国内专业、性能稳定、安全性高的单人氧气加压舱和一台婴幼儿氧气加舱。

杭州城东医院以脑科为核心，骨科、普外科、心血管科、重症医学科、康复科等为重点的医院。